关于统计图形的配色,看看这俩R包

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统计图形的配色,对于缺乏色感的人来说,能够是一个比较头疼的成绩。翻来覆去,改了又改,然而最终能够都拿不定留意采用那套计划。采用统计软件默许的配色计划吧,假设是SAS(我感觉很多人也不愿去用SAS去绘图),估量内心是奔溃的。R软件里小名鼎鼎的ggplot2的配色,的确为公众所青睐。这里,除了ggplot2,我尝试倒腾了下两个好玩的R包,给大家分享下。


1. ggtech

参考官网:https://github.com/ricardo-bion/ggtech


官网上提供了示例代码,不过在尝试之前,建议先装置好devtools和curl两个包,然后可能从github上装置最新版的ggplot2和ggtech。


预备任务:


install.packages("devtools")

install.packages("curl")

devtools::install_github('hadley/ggplot2')

devtools::install_github("ricardo-bion/ggtech", dependencies=TRUE)


library(ggplot2)

library(ggtech)


ggtech是新版ggplot2的科技主题包,打包了Airbnb,Etsy,Facebook,Google以及Twitter等科技公司的主题配色。

比如Airbnb主题:



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示例代码:


d <- qplot(carat, data = diamonds[diamonds$color %in%LETTERS[4:7], ], geom = "histogram", bins=30, fill = color)

d + theme_tech(theme="airbnb") + 

  scale_fill_tech(theme="airbnb") + 

  labs(title="Airbnb theme",  subtitle="now with subtitles for ggplot2 >= 2.1.0")



其余主题配色图:


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详细代码可见官网:https://github.com/ricardo-bion/ggtech


ggplot2的色彩配置很亮丽,ggtech的配色也很有科技感,不过对于科研人员来讲,更感兴味的能够并不是科技公司的配色,而是科研期刊的配色。ggsci就专门针对SCI科研期刊图形的配色,做了一些打包处理。


2. ggsci 

参考官网:https://cran.r-project.org/web/packages/ggsci/vignettes/ggsci.html


ggsci打包了Nature Publishing Group,American Association for the Advancement of Science,Lancet journals等期刊的图片配色,详细如下图:


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不过对于医药畛域,比较适用的能够是Lancet的配色:


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代码:


预备任务:

install.packages("gridExtra")

install.packages("ggsci")

library("ggsci")

library("gridExtra")


图形预备:

data("diamonds")

p1 = ggplot(subset(diamonds, carat >= 2.2),

            aes(x = table, y = price, colour = cut)) + 

            geom_point(alpha = 0.7) +

            geom_smooth(method = "loess", alpha = 0.05, size = 1, span = 1) +

            theme_bw()

p2 = ggplot(subset(diamonds, carat > 2.2 & depth > 55 & depth < 70), 

            aes(x = depth, fill = cut)) +

            geom_histogram(colour = "black", binwidth = 1, position = "dodge") +

            theme_bw()


加载配色:

## Lancet

p1_lancet = p1 + scale_color_lancet()

p2_lancet = p2 + scale_fill_lancet()

grid.arrange(p1_lancet, p2_lancet, ncol = 2)


其实除了Lancet,四大期刊的其余期刊NEJM, JAMA, BMJ都有浓浓的“癖好“”。


比如,NEJM,总是青睐大红大紫。

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再比如JAMA,间接就给出了样板图,有点小清爽的觉得。

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BMJ仿佛一直走自己的蓝色系格调。

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最后,慨叹一下,ggsci的作者,俩位才会横溢的,年轻的,统计任务研讨者也是中国人。


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BTW, 要是作者能替广大医学任务者,倒腾齐四大期刊,再加上JACC, Circulation,什么的那可就太好啦。要不然,咱们就得自己倒腾R了。


说到倒腾R这事,该怎样弄呢?今人有云:独学而无友则孤陋而寡闻。这不,我的一个好哥们倒腾了一个学R的线上社区,里面有大量免费线上学习视频,你可能和大伙一同倒腾R啦。


网址:


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假设还想面对面线下学R,可能戳原文链接,有个R言语的培训班,需求说的是:

需求肯定的R基础,个体觉得比较合适IT,金融,银行等畛域。

给大家争取的到福利是:报名时阐明是「统技思想」的读者,可能再立减100元。以下截图为证哈哈哈。

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这是给冤家帮忙宣传,当然,有时间我也打算去。


哎,作为一个科研狗,我还是要先去倒腾SCI啦。


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